في 21/6/1999م أجاز مجلس جامعة كردفان بتوصية من مجلس الأساتذه في اجتماعه الـدوري رقـم (7) إنشاء معهد باسم: معهد الدراسات المحاسبية والمصرفية ونظم المعلومات إستجابة وتلبية لتطلعات الطلاب لدراسة هذه التخصصات للمساهمة في النهضة الإقتصادية والإجتماعية وقد بدأت الدراسة بالمعهد في نهاية ديسمبر عام 1999م .
القصد من المعهد التركيز على الدراسة التطبيقية بنسبة أعلى من الدراسة النظرية ولهذا يدرس الطلاب 60% من المنهج عملياً 40% نظرياً مستهدفاً بذلك العاملين في المؤسسات الحكومية وغير الحكومية.