جاء قيام كلية العلوم – جامعة كردفان نتاجاً طبيعياً لتطور قسم الدراسات الأساسية بالجامعة والذي أنشئ في العام 1991م ليتولي تدريس العلوم الأساسية كالفيزياء والكيمياء والرياضيات ومطلوبات الجامعة في الكليات القائمة آنذاك. وصدر قرار مجلس الجامعة بتوصية من مجلس الأساتذه بإجازة الكلية فى 4 مايو 1995م. وافتتحت رسمياً فى أغسطس عام 1998م. تحت مسمي كلية العلوم والدراسات الإنسانية بمجمع خورطقت الجامعي. و كانت تضم القسم العلمي وقسم الدراسات الإنسانية (القسم الأدبي) إلى أن تم ترفيع الأخير في العام 2007م ليكون كلية الآداب و كنتيجة لذلك تم تعديل اسم الكلية الي اسمها الحالي كلية العلوم.